Основан 22 апреля 1986 года. Назван в честь советского геолога Ивана Михайловича Губкина.
В 1996 году Губкинский получил статус города окружного значения.
Статус и местное самоуправление
Город как административно-территориальная единица ЯНАО имеет статус города окружного значения . В рамках местного самоуправления образует одноимённое муниципальное образование со статусом городского округа как единственный населённый пункт в его составе
Структуру органов местного самоуправления города Губкинского составляют
Глава города Губкинского, являющийся главой местной Администрации — глава муниципального образования город Губкинский
Городская Дума города Губкинского — представительный орган муниципального образования город Губкинский,
Администрация города Губкинского как местная администрация — высший исполнительно-распорядительный орган муниципального образования город Губкинский,
департамент по управлению муниципальным имуществом города Губкинского — исполнительно-распорядительный орган специальной компетенции,
Контрольно-счетная палата муниципального образования город Губкинский (Контрольно-счетная палата города Губкинского) — контрольно-счетный орган муниципального образования город Губкинский
Главой города (главой муниципального образования) является Гаранин Андрей Михайлович[5], председателем Городской Думы — Полякова Тамара Юрьевна.
Экономика
Губкинский возник как базовый центр в связи с промышленным освоением группы самых северных в Западной Сибири нефтегазовых месторождений, перспективных по запасам углеводородного сырья, отличающегося уникальными свойствами. Основной отраслью промышленности является нефтегазодобывающая. В Губкинском находится наиболее перспективное в системе НК «Роснефть» предприятие — ООО «РН-Пурнефтегаз».
Газодобывающая отрасль представлена введённым в 1993 году в промышленную эксплуатацию Комсомольским газовым промыслом ООО «Газпром добыча Ноябрьск». С введением в 1999 году Губкинского газового месторождения ЗАО «Пургаз» в муниципальном образовании «Город Губкинский» газодобывающая отрасль получила дальнейшее развитие. Переработку и осушку попутного нефтяного газа, производство газового бензина осуществляет филиал ОАО «СибурТюменьГаз» (Губкинский ГПЗ).